若網(wǎng)上查車輛違章發(fā)現(xiàn)有異議，可通過向交警部門申訴、申請行政復議或提起行政訴訟等方式處理。當察覺到違章有疑，首先可攜帶行駛證等前往違章處理中心要求核實。若已受罰，60個工作日內(nèi)可申請行政復議，需準備詳細申請書等材料。若復議仍不滿意，還能依法起訴。不過要注意，處理時應確保證據(jù)充分，按法定程序維護自身權益 。

向交警部門直接申訴是較為常見的第一步。前往當?shù)氐慕痪箨爮秃舜翱?，將你的疑問告知工作人員。在此過程中，要盡可能清晰地闡述你對違章的異議點，例如你認為可能是機動車號牌錄入錯誤，或者是在協(xié)助司法機關執(zhí)行任務期間被誤判違章等。這時候，交警部門會根據(jù)你提供的信息，對違章記錄展開復核 。

倘若直接申訴未能解決問題，申請行政復議便是進一步的選擇。你可以到上級交警支隊法制科，或是作出決定的交警大隊所在縣級人民政府法制辦提出申請。在申請行政復議時，務必準備好齊全的資料，行政復議申請書要詳細、有條理地填寫撤銷處罰的理由，附上身份證明材料復印件、駕駛證、行駛證以及《行政處罰決定書》等相關文件的復印件。相關部門會在規(guī)定的60日內(nèi)作出決定 。

若對行政復議的結果依然不滿意，那么依法向人民法院提起行政訴訟是最后的途徑。在提起訴訟前，要做好充分準備，收集如監(jiān)控錄像、證人證言等有力證據(jù)，用以支持自己的主張。這需要你仔細回憶違章發(fā)生時的場景，盡可能找到能還原事實真相的材料 。

總之，當網(wǎng)上查詢車輛違章有異議時，車主有多種合法途徑來維護自身權益。不過整個處理過程需要耐心和細心，按照法定程序，準備好充分的證據(jù)，這樣才能最大程度提高異議處理成功的概率，讓違章判定更加公正合理 。